夜勤帯休憩時間中の労働について

書かれている内容からだけの判断で、答えを考えます。

休憩時間帯中といえども、会社の指揮命令で労働した場合には、それは「休憩」とはいえませんので、当然、賃金が発生します。
また、そのことによって、必要な「休憩時間」が確保できなかったら、それも問題になります。
問題になるのは、会社が設定した時間帯ではなく、「実際に労働したか」であり、「実際に休憩したか」ということで判断されると思います。