会社が休職していた際に立替ていた金額の処理について

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> 先月、1か月休職した方の、社会保険料、住民税を会社が立替まして、その分を、今月の給与で徴収するのですが、
> 給与から差し引く項目についてお伺いしたいのですが
> 控除額のその他調整で、立替の分を頂くようにしたいのですが
> 正しいでしょうか？
> 後、社会保険料と、住民税を別にして差し引かなくても問題は無いでしょうか？
> 年末調整などのからみもあるかと思うのですが？
>
> 以上
> よろしくお願い致します。

こんにちは。
御社がどのような給与システムを利用されているか存じませんが、最終的には、社会保険料は合算しないと年末調整がおかしくなります。

当社はオービックを利用しておりますが、このような場合、社保調整という控除項目があります。社保調整に金額を入力することで、社会保険料に反映し年末調整にも問題なく出来る項目があります。

直接社会保険料の控除項目に入力できるシステムなのか、それとも弊社のような社保調整があるか、まず確認してください。