年休について

私は福祉施設で勤務をしているものです。
今年度は2人欠員が出ている状況で回しているので、常に人手が足りない状況です。
私の職場では、その月の中旬に翌月のシフトが出されるのですが、年休を申請する場合、シフトが作られる前、つまり2カ月ほど前に申請して下さいと言われました。人手が足りない状況なので、ぎりぎりで年休を申請されても、断る場合がありますよ、と。
それは人が足りない状況なので、私も納得ができないまでも理解はできるのですが、一つ理解ができないことがあります。
それは早めに年休を申請した場合、公休をずらして公休扱いになる事がある事です。たとえば、木金休みの時に、土曜日を年休申請すると、その時だけ金土休みになったりするんですよね。それっていうのはありなんですか？施設としてどういうメリットがあってそんなことをするのでしょうか？うちの施設では、ただでさえ年休が消化されていないと監査でも言われているのに。私は年40日年休があっても使うのは1、2日です。