大規模小売店舗立地法について

専門家ではありませんが・・・

> 最終的に何台駐車場が確保できればいいんでしょうか

何台分確保する必要があるかは、自社で決めるもののようです。
（場合により是正が指示される場合もあるようですが）

「大規模小売店舗立地法施行規則」より

（大規模小売店舗の新設に関する届出の添付書類）
第四条 　・・・
四 　必要な駐車場の収容台数を算出するための来客の自動車の台数等の予測の結果及びその算出根拠
http://law.e-gov.go.jp/htmldata/H11/H11F03801000062.html

新設時に上記のような書類を提出しているはずですので、算出根拠を確認されてはいかがでしょうか？

①大規模小売店舗を設置する者が配慮すべき事項に関する指針 - 経済産業省（Adobe PDF） - htmlで見る
②Ⅲ 交通計画・駐車場計画（Adobe PDF） - htmlで見る
大店立地法に変更になったバックボーンは、商業施設周辺に及ぼす環境の保持が重点になっています。上記のものを参照にしてください。
一概に規模からの割り付けだけでなく、実測値も求められることがあると思いますので、自治体の関連部署に確認されて台数を絞り込まれたらいいと思いますが。

立地法に届出ている駐車場を返却する場合の具体的な手順

１．届出駐車台数の確認
２．上記台数が変返却後も確保できるのであれば直ちに返却可能
３．既に開店している商業施設の必要駐車台数は、現状の利用状況を調査することで決定されます。
現状利用台数以下には減少できません。調査台数を元に立地法窓口（都道府県・政令指定都市）に減少届出を提出し審査期間は最大8ヶ月となります。ようは届出後8ヶ月以降でないと減少できません。
等々説明しましたが、連絡いただければもう少し丁寧に説明できますが・・・