確かに、ややこしいですよね。
役員の選任・辞任登記のときも、そこまで細かく意識した取り扱いはされていないのではないでしょうか。
ただ、ご質問のケースでは、新監査役は28.4.1に就任される、つまり「28.4.1の0時」から就任されるという解釈を前提にお答えすれば。
現監査役は、2016.4.1の0時に辞任されるとするか、2016.3.31の24時に辞任されるとするか、どちらの書き方で表すかだけでしょう。
前者の表記は、「平成28年4月1日付け辞任」ですし、後者の表記は「平成28年3月31日をもって辞任」とするのが良いと考えます。