税金に関しては所得によるため、共働きの場合、誰を世帯主にしても変わらないと思います。
でも、会社によっては住宅手当を受けれたりするため、世帯主が誰かが関係してきます。
私の場合ですが、主人が勤める会社では住宅手当はないため、私が世帯主になっていて、私が勤める会社で住宅手当を受けています。
もしも今までそれぞれ住宅手当を受けていたのであれば、どちらかでしか受けれないことになります。
でも、夫婦でそれぞれが世帯主になるのは不可能だと思うのですが・・・旦那さまも世帯主なんでしょうか?
それでしたら役所で変更の手続きをされたほうがいいかもしれません。