労働保険、一括と延納のどちらがお得？

同じです。

納付する金額は変わりません。
しかし、3回の延納にされた方が、一度に多額の金額を納付せずに済みますし、次回の納付時期まで資金の活用が可能です。
当事務所では労働保険の概算金額が35万～39万円位になると40万円以上になるよう概算金額を増やし3回分納の処理にしています（事務組合に加入の場合は関係ありませんが）。