電子証明書の取得　：　認証局の選択基準について

いつも参考にさせて頂いております。

弊社ではこれまで、社会保険手続を書面やFDで行っておりました。
納税も納付書を作成し、小切手や通帳払い戻しで窓口納付しております。

移動距離や時間の制約を考慮して、電子申請への切替えを検討中です。

色々調べてみたのですが、電子証明書の取得にあたって、認証局の選び方に悩んでおります。

認証局によって、
・ファイル形式/ICカード形式の取扱いの違い
・e-tax、e-govとの対応可否の違い
・料金の違い
があり、どの程度の物を選べば良いのか分かりません。

弊社の電子申請利用目的は下記の通りです。
・健康保険・厚生年金の得喪手続等
・法人地方税などの納付
・源泉所得税の納付　⇒こちらは電子証明書不要なので申請準備中です


既に電子証明書を取得され、電子申請を行われている会社様では、どのように認証局やサービスを選択されたのでしょうか？
お教え頂けましたら幸いです。

何卒宜しくお願い申し上げます。