助成金について

いつも参考にさせてもらってます。

現在とある助成金の支給申請を予定していて、申請にあたって、出勤簿又はタイムカードを提出することになっています。

ところが、その中に残業が多い人がいます。
うちの会社は３６協定に定めた時間を超える残業は、超えた分をカット。
深夜も時間外も休日も全部同じ割増率で計算してます。
明らかに違法だと思って、社長に言いましたが「その分はボーナスで払ってるから未払いじゃない」と言い張ります。
でも、そんなことはどこにも書いていないし、ボーナスの内訳（○○万円は残業分・○○万円は賞与）があるわけでもないんです。
いくらそれでは法律に違反していると説明しても「そんなことをやっていたら会社が潰れる」の一点張りで、聞き入れてもらえません。

こんな状態で助成金を申請したら、やっぱり未払残業代の話が出てきますか？
タイムカードをみたらわかっちゃいますよね？
書類は、ハローワークを通して、労働局に提出することになってます。
私は違法なことをしてるとわかってるので、こんなこと、お役所には聞けないし、顧問社労士さんがいるわけでもないので、誰にも聞けなくて・・・。

すごく困ってます。誰か助けてください。