障害者雇用について

こんにちは。
いつも大変参考になる皆様のコメントありがとうございます。
さて、このたび、入社して6年経過する社員について、所属部長から「アルペルガー症候群」ではないのか？
という疑問が上がり、以前から業務にその要素があったと周囲は指摘していたにも関わらず、採用した役員がそれと認めなかったということもあり、いままでは「仕事のできない社員」で周囲ガフォローしていた経緯があります。
ついに、会社として本人と面談し、本人の意思確認をしてから
病院へ診察に行かせる運びとなりました。
本人の家族構成が複雑で、実の父母とは行き来がないらしく、叔父にあたる方が世話をしてきたとのこと。本人は30歳を過ぎています。これからの人生に大きな変化をもたらすおそれがあるうえ、とてもデリケートな問題であると思われるため、慎重にするように担当部長にはお願いしています。

まだ、障害者と認定されているわけではありませんが
これから会社が行う手続きについて必要なものがあれば
教えてください。
このような場合、既に雇い入れているということで、障害者助成金については申請できないのでしょうか？
就業規則について、追記する必要があるもの、本人を雇用継続するにあたって、行わなければならない手続き等
初めてのことなので、よろしくお願いいたします。
ちなみに、弊社は20名程度の株式会社で、中小企業です。