休業給付と欠勤控除

労災の休業給付（通勤災害）について教えて下さい。
まず、確認ですが、
①通勤災害により怪我や病気になり、療養していること　
②その療養のために働くことができないこと　
③療養のために賃金が受けられないこと
で、休業４日目から給付金が支給されることとなりますが、待機３日は継続、断続問わずですね。

弊社の事故発生は11/26 帰路にて起こりました。
途中寄り道をして、通常ルートに戻ったところでの事故ですので、通勤労災対象になるかな？と思いますが、疑問はそこではなく・・・
（弊社は１年変形を採用しており、勤怠はシフト制です。）
11/26（月）→事故当日
11/27（火）28（水）→被災者の休日に該当
11/29（木）→労働日
この休日を待機にカウントして良いでしょうか？
月給制の為、例えば、欠勤控除という形で【休日２日分の給与】と【11/29の給与】を控除し、無給とすれば待機にカウントできるのでしょうか？
→従業員の方は感覚的に、休日なのに欠勤控除される理由が分からない！とのことなのです。

また、「欠勤１日につき、給与月額の30分の1（休日を含む）を控除する。」
という規定は1年間365日を12で割った、月の暦日数平均を根拠にしているのですが、厳密に言うと全額払の原則に反するのかな？と思えてきたりしたのですがいかがでしょうか？
これで組合了承済＋監督署届出済ではあるので、現実的・効率的な取扱いなのかなとも思いますが。
皆さんどうされているのでしょう？