後発事象記載後の処理について

後発事象とは、決算日の翌日から監査報告書日までの間に発生した会社の財政状態及び経営成績に影響を及ぼす会計事象を言います。
御質問は、決算数値の誤りですから、後発事象には該当しません。

当該誤りについて、実務上、処理が困難とのことですが、要修正事項の金額的、質的重要性にもよりますが、基本的には、決算書を修正されることをおすすめします。
上場はされていないようですが、決算書は、資金調達や税務申告の際にも重要ですから。