年末調整　扶養控除等申告書

間違いないと思います。

配偶者が１２月３１日現在で、就職やパートなどで１月～１２月の合計収入１０３万円以下（所得３８万円以下）で無ければ申告は無いと思いますので、控除対象配偶者ではないので１２月給与計算時に外すことになります。
但し、合計収入が１０３万円超（所得３８万円超）～１４１万円未満（所得７６万円未満）の場合は「配偶者特別控除」に該当するので年調します。

どちらも申告がなければ、それ以上の収入（所得）があると考えられます。

用紙での申告書には、右側に「異動年月及び事由」欄があると思いますので、例えば
４月１日就職
など、扶養要件からはずれる事由を記入してもらうよう該当社員様に説明してください。
何らかの年末調整申告ソフトを使用していて、社員様が事由を書く欄がない場合、社員様に直接確認してあげてください。

ご質問の文面から、「届出がされていた」申告書が23年分で、「今回、控除対象配偶者ではなく申告があった」申告書が24年分の可能性も考えられるのですが如何でしょうか？

もしも後段の申告書が24年分だとすると、その記載内容は24年に適用すべき事項ですから、23年12月給与および年末調整には全く関係ありません。

その場合は、すでに「届出されている」23年の申告書の記載内容に変更・修正について確認のうえ税額計算する必要があります。