給与の訂正項目について

はじめまして。

交通費（通勤費）には、非課税部分があります。月単位で非課税額が決まっていますので、それを越える部分は課税対象になります。
よって、不足分をそのまま支給してしまうと、前月分でしっかり支払っていれば非課税だったのに、今月に繰り越してしまったために課税になってしまう恐れがあるということです。
前月分の交通費がいくらで、非課税枠内なのか越えているのかをしっかり調べてから支給するほうがよいと考えます。
非課税枠内の支給であれば、非課税として支給しなければいけないでしょう。先輩の言うことが正しいです。

不足分はすべて課税徴収しておいて、年末調整で非課税調整できるのであれば、それでもよいと思いますが、使っている給与ソフトの使用方法によってかわってきますので、確認してみてください。
前月調整が、残業なのか、交通費なのかしっかり分けて後でわかるようにしておく必要があると思います。