マイナスの領収書は有効でしょうか？

通常、返金する際には相手に対して、現金受取書も同封し、署名捺印の上、送り返してもらいますが、入手できなければ、「平成◎年▲月◇日に徴収された〇〇の過払いについて返金分」として記入すればよいでしょう
領収証のマイナス分は証明にはなりません。