年末調整の還付金や追徴金ははあくまでも給与の控除項目の源泉税欄に記載されるものです。給与の支給項目ではありません。
控除欄
源泉税 ×××
年末調整 ▲8.500
住民税 ×××
※還付は▲、追徴は+で表示
また還付金や追徴金を2月の給与明細で清算することも問題があります。12月の給与計算したした時点で年末調整ができるはずですからできれば12月の給与と同時に、もしくは遅くとも1月給与で清算するべきです。
もし1月の給与で精査したとしても前年の源泉徴収票の源泉徴収税額欄に反映されていなければなりません。あくまでも前年の年末調整で還付・追徴されたものだからです。