住民税について

参考までに

ご認識の仕訳であっていると思います。
下記例を参考にしてください。

①給与支給時（市民税部分のみとします）
　給与　Ａ　／　預り金　Ａ

②本人返済時
　預り金　2,000　／　普通預金　2,000

③市民税納付時
　預り金　（Ａ－2,000）　　／　普通預金　（Ａ－2,000）

これで、預り金（市民税部分）は相殺されますね。

既に納付してしまった住民税が、会社に戻ってくることはありません。（会社に戻ってきたら、そのまま返金すればよいですが、、、聞いたことがないので）
本人の申告によって本人宛に還付されますので、今後の納付だけ注意すればよいと思われます。

いままで払っていた額－２０００円＝納付額ということになります。

非課税従業員の給与からは住民税を控除しない＝実際に納付する納税額が２０００円すくなくなるということにはなりませんか？

給与計算の支給控除合計をみるとわかると思います。

確かに！
給与支給時と市民税納付時を分けて考えればいいんですね。
これを一緒に考えていたので迷宮入りしました。
ありがとうございました。