売上先と入金先が違う場合

法務的な視点から申し上げますと、

この種の取引が行われることは確かにありますし、通常は問題ないのですが、キチンと事情を知らない第三者に対しても説明がつけられるためには、御社・Ａ社およびＢ社の三社間で、取引・請求・支払いの方法等について合意した覚書などを作成しておいた方が良いと思います。

ちなみに、その合意文書は印紙税法上の７号文書（取引基本契約書）に該当するでしょう。