まず有期雇用から無期雇用への転換申し出権の期間計算は平成25年4月1日以降に契約した日からカウントを始めます。
例えば同年5月末まで契約があり、6月1日で改めて契約の更新をした場合、6月1日からカウントし始めるというわけです。
で、本題の件ですがそのことを踏まえて、有期雇用及び無期雇用が連続している期間を通算することになります。今回の有期契約に戻った時からカウントするのではありません。
ただ別の問題として、一旦正社員にした者を当人の希望があったのならともかく、一方的に有期契約にすることは原則としてできません。この点がもっとも注意すべき点でしょう。