諸手当に対する残業代について

結論から申し上げますと「不可」です。

給与計算事務の簡略のためとのことですがよく考えてみてください。手当が支給される月とそうでない月があるわけですから、どのみち毎月基準単価が変動する可能性があるわけです。つまり計算する必要があるわけです。定額残業代制が合法となる条件は省略しますが、このような案ではむしろ事務作業が増えると思われます。

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臨時に支給する賃金に該当すれば、時間外の計算の基礎となる賃金から除外されるのではと思われるんですが、労働局に確認されたらいかがでしょう。