グループ会社間の消費税免除について

> グループ会社間で取引を行うにあたり
> 「請求金額については利益を含めないようにしなさい」と指示がありました。
>
> 当社A社が外部企業様よりお得意様価格で購入した商品(1100円税込)について
> グループ会社B社へ販売・請求する場合において
> 請求金額1100円(税込)として請求書を発行しても問題ないのでしょうか？
>
> 懸念している点としては
> あくまでも別会社であり、消費税の負担すべきかと認識しております

問題を整理しましょう。
①「請求金額については利益を含めないようにしなさい」との指示は、
「グループ会社間の消費税免除」という指示ではないと思います。

②購入した商品(1100円税込)について
請求金額1100円(税込)で請求することは、
その取引の中で、消費税を負担しています。

なので、質問の状況においては、そのままで何も問題はないと思われます。