住宅借入金等特別控除額＞支払済所得税＞年税額の場合

戻ってきますよ。
年末調整の計算の流れは、
　１．年間の所得等から年税額を算出
　２．算出年税額から住宅借入金等特別控除額を控除
　３．控除後の年税額から徴収税額を差引
　４．マイナスであれば還付、プラスであれば徴収
となります。

ご質問のケースの場合、
算出年税額　　　　　　　 90,000
住宅借入金等特別控除額　150,000
徴収税額　　　　　　　　100,000　なので、
　１．90,000円
　２．90,000－150,000＝０円（△60,000円）
　３．0－100,000＝△100,000円　となり、
今年の給与から引かれていた所得税は全額還付となります。

住民税の計算はこの後です。
住民税から控除される住宅借入金等特別控除額は、所得税から
控除できなかった分なので、上記２のマイナス分60,000円です。

住民税からの控除を受けるには、お住まいの市町村役場への申告が必要です。
申告期間や申告書の記載の仕方等は市町村役場の市民税課等へお問合せください。