賃貸の保証金を賃貸料に充当したい

領収書を発行したら如何でしょうか。
賃貸料として発行し、付記として敷金、保証金を充当と書いておきます。

賃貸の解約が決まっているならば、今の時点で保証金の清算をして、解約時期を来月としてしまうのも方法と思います。

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こんばんは。
たとえば・・・ですが、このような文面はいかがでしょうか？
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同意書

●月●日付けでの賃貸契約の解除に伴い、当該契約締結時に
支払った保証料△△円を、●月分の賃貸料に充当することに同
意します。
平成●年●月●日
（先方の住所）
（先方の氏名・捺印）

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ご参考になれば幸いです。

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