離婚準備中の従業員の子の扶養について

> 個人的にはまだ３月なので、年末までには結論が出て当方で年末調整の際に扶養控除することで結果は同じになると思いますが、社会保険の窓口が、すぐに何かあったときにすぐ相談できる母親側の扶養者であったほうが、気持ちも落ち着くのではないかと思います。

税金でいえば、離婚して夫婦は他人になりますが親子関係については他人になるわけではないので、夫が養育費などを支払えば、夫が娘について扶養控除を受けることも可能です。
http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/shitsugi/shotoku/05/65.htm
夫と妻のどちらで扶養控除の申告をするか、ご夫婦できちんと取り決めをしておく必要があります。

健康保険については、単身赴任の家庭でも支障がないよう、別居でも夫婦の生計は同一生計とみなす、というのが原則です。現実問題、単身赴任の夫名義の給与口座を実質、妻が管理している家庭は多いので、夫婦が別居していても別生計かどうかまで確認することは困難ですよね。
ただ、近年では、DV被害などの特段の事情があれば、個別に対応してもらえる場合もあるようです。

ところで、夫婦ともに収入がある場合、収入の多いほうでお子さんの保健証をつくることが原則です。
妻の加入する健保では、現状で娘さんを扶養認定してもらえるのでしょうか？夫の健保から抜いたとしても、妻の健保で認定してくれなかったら、娘さんが無保険になってしまう恐れがありますので、妻の健保にも事前に問い合わせておいたほうがいいと思います。