早急にお願いします

> 早急に教えて頂きたくお願いたします。
> 　給与担当になってようやく3年目になろうとしています。　
> 嘱託医について　当社としては委託のため委託料としてその人の口座に振り込みしていましたが、実は個人名義の口座に振り込みしていたので、給与扱いだと言うことが相手の方からの指摘で判明しました。もうこちらとしては、年末調整も終わっておりますし、税務署にも支払調書を提出しています。
> どうすればいいのか、早急におしえてくださいお願いします


こんばんわ。
給与であっても扶養控除申告書の提出が無い場合は年調しませんので源泉徴収票の発行のみでいいと思います。
まず委託契約書を確認していただき契約者名が医療法人で法人契約であれば給与とはならないはずです。法人間の契約になります。支払口座も法人口座に変更しましょう。法人契約ではない場合は乙欄給与となり源泉票発行となります。支払時に源泉しているようでしたら支給額と源泉額のみで作成し法定調書の訂正提出、市町村への提出で問題ありません。厳選してない場合は支給額のみの記載となります。
とりあえず。

tonさんお返事ありがとうございました
確認してみたいとおもいます