時季変更権と特別休暇について

申請を受ける使用者側からの質問でしょうか？

時季変更権は「希望の日はあいにくだから、別のこの日に休んでと日を変更する」権能ではありません。「希望の日はあいにくだけどやすませてあげれない」という宣言です（この効力を有効に発揮させる要件はこのさい割愛）。ですので、ご質問の後段はなりたちません。

ご丁寧に可能な日に指定してあげて、後出しで特別休暇があてがわれたのでしょうか？

有給なら、当人の年次有給休暇日数減数はなし。無給なら、本人の選択ですが、年次有給休暇が先なので、無給の特別休暇にできないでしょう。

すでに特別休暇が設定されていたのであれば、使用者の指定ミスでしょ。