休暇当日に申告すると残業時間を減算される

> 休暇を取得したい前日までに申告しないと、
> 有給が取得できないルールがあります。

法制度上、これが普通です。当日朝の急病等で認めるのは、会社の温情でしょう。

> 休暇当日に申告した場合、

休んでも割り当てられた年次有給休暇所持日数から１日引くことなく、所定賃金から１日分減額するのが普通で、

> 残業時間から定時(8時間)を引かれます。

これはできません。残業した事実を抹消しているのと同様で、払うべき法定賃金（割増賃金）の支払い義務を果たしてないことになります。

ご返信ありがとうございます。
有給が前日までの申請でなければならないことなど、とても参考になりました。
残業時間からの差し引きは、会社と交渉してみます！