年末調整・通勤費について

> こんばんは。
> 初めてお世話になります。
> 分かりにくい文章かと思いますが宜しくお願い致します。
>
> 自社では3月と9月に通勤費の支給をしております。
> 平成24年から変更になった通勤費で、
> 課税該当者を非課税として支払いをしてしまいました。
>
> 還付金や源泉徴収票も給与支払報告書も法定調書も全て済みの状態。
> 1月分の給与の支払いも終わっております。
>
> この場合税務署へはどのような対応をすれば宜しいのでしょうか？
> また非課税としてしてしまった社員の方から徴収しなければならない
> 課税分は2月の給与から徴収となるのでしょうか？
>
>
> このポジションについて日が浅く、年調も初で分からない事ばかりで
> ご教示宜しくお願い致します。


こんばんわ。
年調再計算で対応するのがベストと思います。該当者の交通費を課税処理しなおしての再計算をすることになると思います。不足の税額は2月の給与から2月分とは別に徴収することになります。源泉票、報告書、合計表を再作成し配布、提出します。本人交付の配布は前回分を回収しましょう。新しい源泉票を配布する際には説明書を添付すると良いと思います。
とりあえず。

おはようございます。

さっそくのご回答ありがとうございます！
本日さっそく取り掛かろうと思います。