個人に対する消費税と所得税の扱い

まず、所得税と消費税は全く別件ですので分けて考える必要があるでしょう。

個人事業主の所得税については、確定申告によって申告納税をするだけです。
特に難しい話はないかと思われます。

消費税の納税に関しては、免税事業者となるかの判断をし、免税事業者であれば申告納税する義務はない事になります。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shohi/6501.htm

リンクを見れば分かると思いますが、概略を言いますと前々年の課税売上が1,000万円以下の事業者は免税です。
ただし、前年の1/1～6/30までの期間に課税売上1,000万を超える場合は課税事業者となります。

詳しくは税務署や専門家に相談すると良いでしょう。
（あるいは相談する事をお勧めしてください）


また質問外ですが、他にも住民税の増加と個人事業税の増加（発生）も考えられます。

さらに、御社からの支払いに関してですが、個人への支払いはその内容が、所得税法204条に限定列挙されている内容に該当する場合、源泉徴収義務が発生します。
http://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/gensen/aramashi2013/pdf/07.pdf

ご質問からは該当するかどうか分かりませんが、これを失念すると金額的に手痛いペナルティー（加算税）になる可能性が予測できますので、きちんと税務署に相談する事をお勧めします。


-----------------------------------------------------------------------
> 会社として個人の外注さんを使おうと思いますが、
> 今年だけで1000万円位の支払いになりそうなプロジェクトです
>
> その個人の方に相談されたのですが
> 個人で年間1000万円プラス消費税の支払いを受けた時には
> 消費税の申告をしなければならないのでしょうか？
> 所得税で支払いをすれば良いのでしょうか？
>
> 会社の消費税と違い個人の部分は分かりかねますのでご相談いたしました
> ご回答いただけましたら幸いです
>