駐車場内の当て逃げの責任の是非

駐車場利用のルールがどのように定めているか？に依ると考えます。
記載されている塗料や位置関係で会社のリフトであると合理的に判断できるのであれば、全額とは言わないまでもある程度、負担するしかないと考えます。
また、犯人が見つかっても全額負担させるのは難しいです。
一定の注意や監視体制等がどうなっていたか等、検討事項もありますし。

私なら、会社で使える保険があるのでしたら、それで処理します。
犯人が見つかれば事情をよく聞いて、会議にかけ処分を決めます。

原則論として、会社のリフトで駐車中の車両に傷をつけたのであれば、運転者は、上司に報告すると思います。
運転中の車両に傷をつけたのであれば、リフト側に過失が100%あると主張するのは難しいと思いますが、駐車中の車両に傷をつけたのであれば、駐車中の車両が駐車すべき場所に止められており、且つエンジンが動作していない状態であれば、傷をつけられた車輌に過失は皆無であるため、リフト運転者並びにリフトを管理する立場にある会社に100%の過失が認められると思います。
また、現在調査中という事ですので、リフトを運転して傷をつけたと思われる運転者は、上司に報告をしていないことから、明らかな当て逃げであり、器物破損罪の適応が妥当ではないでしょうか。
私有地内でのトラブルは、民事不介入という事から警察が介入する確率は低いと思いますが、当て逃げは、器物破損罪などに該当すると判断されれば、警察の介入もありうると思います。
その上で、傷をつけた車両が特定できた場合、その車両が明らかに会社所有の車両であれば、運転者並びに会社は、傷をつけてしまった車両に対して保証する義務が確定されると考えられます。
車輌が特定できなかった場合は、仮に会社所有の車両だと思われても、運転者並びに会社が傷をつけられた車輌を保証する義務は発生しません。(疑わしきは罰せずの原則)
この返信の中で、会社に保証義務があるとしている点については、仮にリフトを運転していた人が社員あるいは社員以外の第三者であっても、車両を所有し管理しているのは会社ですから、会社側の管理責任は免れないと考えられます。
警察に被害届を出されることをお勧めします。

ありがとうございました。

どうも、犯人は出てこないようなので、今一度傷などを確認し、決めていきたいとおもいます。

かなり昔の事ですが、駐車場で、他の会社の営業車にぶつけられたことがありました。
ぶつけた犯人は、びっくりするぐらいの速さで走って逃げてしまったのですが、すぐに警察に通報いたしました。
翌日、その会社の担当の方がお見えになり、犯人は、結局わからなかったのですが、管理責任があるので、車両の修理と修理中の代車については、その会社が保証してくださいました。
少しでも早く、現状が変化しないうちに、警察に届け出ることが先決だと思います。

ご助言ありがとうございます。