所得税扶養控除の是正について

まず提出されている扶養控除申告書にはどのように記載されていたのでしょうか？
記載されていた通りに年末調整を行ったにも関わらず是正要請がきたのであれば、改めて従業員の方に扶養控除の対象となる年収の上限を伝えた上で、扶養控除申告書の再提出を求めるというのはどうでしょうか。
結局のところ重要なのは控除対象になるかならないかですし、収入の詳細を伝えたくないという方であってもこれには応じてくれるかもしれません。

AKAsさんへ

ご回答ありがとうございます。
昨年の年末調整時に説明していましたが、扶養家族の収入は0となっていました。
しかし、ほんとはパートなのか何かは分かりませんが、働いているようです。
金額的にも扶養控除対象にならない金額っぽいです。
実際のところわからないので非常に困っています。

ゆずぽんさんへ

今回のご相談にうまく符合するか判らない経験談ですので、多少割り引いて見て下さい。

かって勤務していたときに、数回、同様の文書を受け取ったことがあります。所轄の税務調査が別に行われた際に、担当官と雑談をしていて得られたこれら文書に係わる感触は、このような文書が送られて来る場合、税務当局は実態をかなり正確に把握している可能性が高いのではというものでした。数多くの疑わしい事項の中から選び出して、わざわざ文書を送付してきたのだから、当局は本人が白を切ったら直ちに反論できない資料を提示して修正を迫る可能性があるのではと感じました。
私の場合は、本人達が直ぐに対応してくれ、提出のあった資料によれば、全て当局の通知どおり被扶養者に該当しないケースでしたので、再計算による不足額を速やかに納付して事なきを得ました。社員（夫）が配偶者（妻）のパート収入に全くというほど関心を持っていないケースばかりでした。その根本は、税制を知らないあるいは知ろうししない姿です。

本人が素直に修正手続きに応じて、再計算による不足額を速やかに納付すれば、通常はそれで終わりの筈です。
ところが、本人が非協力的だと、当局は把握している情報をもとに、速やかに是正して不足額を納付するよう勧告してきます。最悪は、脱税と処理され不足している本税以外に加算税を徴収されることもあり得ます（具体的な例は経験ありませんが）。

本人が税務当局からの文書を見せても応じないのであれば、その旨を当局に連絡して、その後は当局に任せるしかないと思います。もちろん、当局へ連絡する前に本人には、最悪の事態の可能性を伝えておくとよいと思います。

後は本人次第だと思います。

私も先日、税務署より「扶養控除等の見直しについて」の通知を受理しました。
社員の扶養申告に重複がある（既に他の人の扶養親族として申告済み）との指摘。

特徴税の是正（税額の変更）通知も8月に来ておりましたので、「扶養親族の重複（誤り）」は明らかであり、逃げる事は出来ません。
ですが、会社に提出された扶養控除等申告書には扶養親族無しであり、今回の扶養親族申告に関して関知していない為、税務署にその旨の連絡をしました。
（本人が確定申告したらしい…です）
回答書にそのように記載して送り返して下さいとの指示でした。

御社社員さんに、再度今回の状況を説明し、説得し、それでも理解と協力を頂けないという事ならば、税務署に相談するしか方法はないと思います。
会社としては、申告書に基づき処理をしている訳で、何らミスは無いのですから。
あとは、税務署の判断に任せるしかないと思いますよ。

社員さんが拒否したり、知らを切ったところで、税務署は絶対的証拠を持っているはずですので、逃げ切る事は不可能だと思います。