株式譲渡の書類に使う印鑑

お父さんの個人印と父で代表取締役である代表者印は別物ですよね。
代表者印だと会社に譲渡することになりませんか？（たまたま代表者が父であっただけ）
お父さん個人に株式を帰属させたいのなら、お父さんの個人実印でしょうね。
代表取締役○○△△と○○△△さんは別個に考えたほうがいい。

あなたが、お父さん個人へ株式を譲渡したい。
譲渡者と譲受者を区別して、あなたの住所氏名、お父さんの住所氏名を記載、両名の個人実印を押す（実印が必須なのかはわからない）。
あなたが譲渡の申請書を会社へ出す。

会社では、取締役会の承認後、お父さんが譲渡承認書に会社代表印を使用して譲渡承認書を作成する。
そんな流れだと思いますが。（印鑑について実印までを要求されているのかはわからない）





> 父が経営する会社では働いています。会社の株は全部私が持っています。
> この株を代表取締役である父に譲渡する書類を作りました。
> そこで質問ですが、書類の中にいくつか父の印鑑を押すところがあります。
> 臨時株主総会議事録には父の名前の印のところに会社の代表印を押しますよね。
> 贈与契約書、株式名義書換請求書などの印は、父の実印にするものでしょうか？
> また、会社の代表印でもよいのでしょうか？
> 実印と代表印を分けて使用したほうがよいのでしょうか？
>

すでに回答が出ていますが、貴方の父親は人間（個人）であり、会社ではありませんので、個人の印章（はんこ）が必要です。
はんこは必ずしも実印である必要はありません。一般的に実印が望ましく、赤の他人であれば実印を要求するべくだと思いますが、親子間で合意済みであれば認印でも問題ないでしょう。但し、どこかの家具会社のような親子関係であれば実印を使うべきです。