通勤費について

通勤手当等の支給は、必ず全額支払わなければいけない物ではありません。
御社の規定に従って支給されていれば、問題ありません。通勤費さえ支給しない会社もありますから。。。

沿線の乗車料等の変更により定期券代が変更になった場合の取扱も御社の規定次第。。ということになります。
いつの時点で算出した定期券代を、いつ支給するかという問題になります。ここをはっきりさせておかないと、これからも同様の問題は出てくるでしょう。
また、定期券代については、今回のように料金変更も有ります。増額も有れば減額も。。
減額した場合は、返金しなければいけないのに、増額したときは支給しないでは不利益になると考えられます。

総務の回答はいただけません（だいたいの人が5月に買うが、全員が買うわけではないので、私でも納得はいかない）が、通勤費支給の規定を再度確認のうえ、交渉してみてください。
ただし、支払日が決まっているため、あなたの購入期間だけを考慮する必要はないと思います。

> 同情いたします。
先ず、通勤費規定があるか否か。
確認してください。なければ、制定を働きかける。
本来は、正当月対応で値上げ分の支給が正解と思います。
ここは、我慢が一番。
あなたが総務担当になったとき、正しく変更しましょう。
もちろん、会社内組合があれば、相談してもいいでしょう。
でも、穏便にいくのが会社人生は幸せです。