マイナンバーの管理等について

> マイナンバーの管理・提出について、質問です。
> 現在、マイナンバーを「管理簿兼届出書」へ記入提出してもらい、金庫管理としております。(社員は、５０名弱です）
> 給与ソフトを導入しており、マイナンバーも入力可能の状態ですが、パソコンでの管理環境が整ってないため、今後の年末調整関係の処理で色々と迷っています。
> 支払報告書等、マイナンバーの記載が必要なものについて、給与ソフトへマイナンバーを入力していれば何の問題もありませんが、上記の通り、紙での保管の為、今後の提出書類でどのようにしたらよいのか、アドバイスよろしくお願い致します。
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> ①給与ソフトで出力した支払報告書や税務署提出用の源泉徴収票に、マイナンバーの箇所のみ手書きで記入して提出することは可能でしょうか？
> それとも、複写式へ全部手記入して提出となるのでしょうか？
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> ②給与ソフトへ支払報告書等の作業をする場合のみマイナンバーを入力し、保存等を行わず処理が終わったら削除する。。の方法は、どうなんでしょうか？
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> 以上、無知な質問で申し訳ありませんが、よろしくお願い致します。
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こんばんは。
給与ソフトを利用されているのであればソフト管理で給与支払報告書に印字して問題ないと思います。手書対応の必要はないと思います。
パソコンの管理環境がどのようなものか不明ですが少なくとも給与ソフトは整備されていると思います・・・メーカーが対応していると思うのですが・・・・
マイナンバーは給与だけではなく保険関係や住民税関係も今後の利用範疇になりますので管理簿等紙管理は給与以外も含めての必要資料と考えていいものと思います。
とりあえず。

ご回答ありがとうございます。
お答えいただいた通り、給与ソフトへ入力していこうと思います。
現在、物理的管理措置での不安な点があり、留まっておりました。電子媒体で保存する場合のセキュリティーを再度、見直していきたいと思います。