源泉徴収票の住所 単身赴任者の場合

> いつもお世話になります。
> 経験不足でしてお知恵を拝借したく、お願いいたします。
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> 該当者の自宅は、職場から遠いため、一人でアパート暮らしをしています。住民票は、家族が暮らす自宅になっております。週末は自宅。平日はアパートというような暮らし方のようです。
> こういった場合、年末調整はどちらの住所ですべきでしょうか。
> 住民票のある、自宅で大丈夫でしょうか？
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> また、システム上の問題で、源泉徴収票がアパートの住所で印刷されてしまうのですが、手書き修正の場合、二十線に会社印で、訂正すれば、本人への配布と給与支払報告書も問題ないでしょうか？

おはようございます。
自宅とアパートは同一市内でしょうか？　別でしょうか？
別であればある種の単身赴任や独立独身者と考えられます。
家族とは親元ではなく妻・子供でしょうか？
親元であれば独立独身者の判断ですから普通は住民票は異動しますね。
単身赴任の場合は下記判断があります。

単身赴任で以下のような場合、住民票の移動は、義務（必須）ではありません。

（1）単身赴任の期間が1年以下の場合
（2）週末や季節ごとに元の家に帰っているなど、「生活の本拠（拠点）」が元の家にある場合

しかしながら、住民基本台帳法では、住所が変わった場合、住民票の移動（転入届の提出）は、14日以内に行うことが義務付けられています(住民票の移動（転入届・転居届）の手続きが遅れた場合、過料という最大5万円の罰則を受ける可能性があります）。
ですが基本的には家族が住んでいる住居が生活が中心（生活の本拠）である場合、つまり、月に数回は帰省もして、自分の所有物のほとんどが家族の住んでいる住所にある場合ですと、これは生活の本拠は、家族の住んでいる場所であり、単身赴任先ではないとなり、住民票の移動は不要という判断が可能

あくまで「可能」ということで不可の場合もあります。厳密には住民税の関係もありますから市町村に確認するのが一番ですが･･･。
市町村によってはごみ収集や水道等行政サービスを受ける関係上住民票移動を必要とする場合もあります。
その上で本人に住民票移動を説明しましょう。
システムとは給与ソフトと言う事でしょうか？
扶養控除申告書の住所は自宅と借家のどこを記入しているのでしょうか？
借家記載であればそのまま変更の必要はないと思います。
自宅であればシステムを訂正する必要があると思います。
住宅手当を支給しているのであれば借家が住所と考えられます。
とりあえず。