法定保存文書の電子化について

いつも楽しく拝見させて頂いております。
本日は、法定保存書の保存方法をこれまでの紙ベースからスキャナで読み取らせPDFで保管しようと考えております。
　保管場所はパスワード付けた年度別フォルダ内で、電子化した書の他、保存文書の目次をも作成し、表示されたときに一番上に来るように考えております。と共にサーバーでの保管も多少のリスクがある為、外部媒体（USB等）でも管理する予定です。
　これまで法定保管文書類は原始証憑物も含め紙ベースでした。
現在、保管の文書類は大量にある書類を除き、直近年度より電子化を進めて行く予定で現業の合間の作業故に年末までにひとつの区切りを付けたいと考えています。
　そこで、質問ですが、こうした電子化を進めるにあたって、弊社として公的機関に対してどのような機関にどのような届け出、または、許可が必要なのかを教えてください。
その他、危惧される点がございましたらお聞かせください。