代理交付者と発行者の両方の登録番号があるインボイスについて

> いつもお世話になっております。
> 今更な質問でお恥ずかしいですが、よろしくお願いいたします。
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> Amazonビジネスで備品を購入した際、媒介者交付特例により代理交付者であるアマゾンジャパン合同会社の登録番号と、発行者として販売会社の登録番号の記載がある時があります。
> この場合、発行者が課税事業者であっても代理交付者のアマゾンジャパンで仕訳処理しても良いのでしょうか？
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> Amazonの他にも、ホテルの予約の際にもインボイスに２つの登録番号が記載される事があり、どちらだろうと一瞬迷うことがあります。
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> ご回答よろしくお願いいたします。
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こんにちは。
原則は販売者の番号でしょう。
委託販売の扱いをされていても委託者から受託者へ通知があって受託者が代理できるものになりますので両方であれば販売者のばんごうになろうかと考えます。
要は誰から購入したのか、販売者は誰なのかで判断する内容かと思います。
後はご判断ください。
とりあえず。

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/pdf/qa/01-08.pdf