私見です。
支払側の都合(大本をたどると国の都合ではありますが)で支払方法を変更するのに、そこでかかる手数料を受取側に負担しろ、というのは反発されるかもしれません。
また、近年は手数料は振込人負担、の考えが広まりつつあります。
ありえないことではないですが、同意を得るのが難しいかもしれません。
なお、
>今まで約束手形の発行手数料として500円を受取会社に負担してもらっていて、手形郵送料400円くらいだったので実質弊社負担は0円(むしろプラス)でした。
下請法対象の取引でこれをやると、下請法違反となりますので、蛇足ですが指摘しておきます。