定額減税の計算をし忘れてしまった場合の処理

私見です。

月次の減税を行っていなかった、という部分は置いといて。
おおよそ、ご認識の通りかと思います。

おおざっぱに説明します。

まず、定額減税がなかったものとして、通常通り年末調整の計算を実施し、年調所得税額を算出します。
その後、年調所得税額から定額減税を差し引きます。
この時、引ききれない場合は、控除外額として源泉徴収票の（摘要）欄に記載します。

上記の結果、所得税額が0円となったのであれば、還付となりますので、通常の年調の還付と同様に処理してください。

詳しくは、国税庁の年末調整のしかたなどをご参照ください。
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/gensen/nencho2024/01.htm

ご回答頂きありがとうございます。
凡そ解釈は合ってそうだとの事で良かったです。
参考にさせて頂き引き続き事務にあたりたいと思います。