A社・B社・C社との業務提携の内容がよくわかりませんのであくまで「支払代行」ということでの処理ですと、
A社・B社・C社の仕入先に対する支払時は
(借方)立替金A (貸方)現預金
立替金B
立替金C
A社・B社・C社からの入金時
(借方)現預金 (貸方)立替金A
立替金B
立替金C
受取代行手数料
A社・B社・C社の仕入先に対する支払いについては、A社・B社・C社の仕入先に対する債務の弁済ですので、当社の費用収益として認識するのは取引の実態に合わないように思います。当社の収益は代行手数料だけでしょう。