間違えて支払った給与について

ある社員に4ヶ月に渡り手当を間違えて支払ってしまっていました。会社の立場からすると、間違えて支払った事実は反省し真摯に受け止めています。ただ、間違えて支払った分の手当は数ヶ月に渡り給与から引こうと考えています。（税金の問題等あるので）
こういった処理は違法になるのでしょうか？
どんなことでも結構です。
アドバイス下さい。