健康保険料の金額を間違えてしまいました！

正しい納付金額は年金機構（社会保険事務所）で自動引落しをされていますから社内的な処理だけですので、保険料が不足していた従業員との話合いがつけばいいのではないでしょうか。

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健康保険料を少なくとっていた従業員の方の了解を得れば、まとめてもらうことは問題ないと思います。
また、決算年度が４－３月であれば、事業主負担額の会計処理及び本人負担額の立替金（もしくは預り金）処理も３月末の年度内に完了するものと思います。

しかしながら、年をまたいでいますので、健康保険料の未徴収分が当該従業員の年末調整の際の社会保険料控除額に反映されなかったのではないでしょうか？

この未徴収分については「平成２２年分」の年末調整の際に社会保険料控除で控除を受けることもできますが、その控除額の金額によっては「平成２１年分」の年末調整において年税率・年税額にも影響が出ていたケースも考えられます。

管轄税務署に確認の上、年末調整の再計算または当該従業員に確定申告（何れも３月中旬が締め切り日）してもらうことも選択肢として挙げられるものと考えます。

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