会社経費の不正使用？

はじめまして、零細企業で事務をやっているものです。

どうすればいいのかご指導お願いします。
3/末で退職した社員が私物を持ち帰る際に、会社取引の宅配便を無断で使っていることが分かりました。
それで、上司（一応社長です）に確認を取り、給与の最終支給分から控除したのですが、
その上司がその退職社員と会った翌日に「払ってあげて」と言ってきました。
これは、たとえ少額といえども会社経費の不正使用ではありませんか？
不正に加担するのは納得できないのですが、支払いを拒否することは出来ないのでしょうか？