通勤労災と管理者責任

通勤労災の件で相談します。
現在弊社の社員が管理委託を受けている取引先の車（殆んど通勤のみに使用、燃料代等も取引先負担）で通勤を行っているのですが、これが廃止になることになりました。そこで弊社で原付バイクを提供して、燃料代の実費分を通勤費として支給するという方向になっています。（就業規則も実費の燃料代を支給）
ただ問題なのは、通勤距離が片道４７ｋｍもあるのです。社員は個人で車を保有しているので、その車で通勤させてもいいのでしょうが、燃料代の負担軽減のためにバイク通勤なのだそうです。
この様な場合、①会社の方針に従わないといけないのでしょうか。②もし許可なく個人の車で通勤して事故等があったら労災とは認定されないのでしょか。③またバイクで事故を起こした場合、過酷なバイク通勤（個人的見解）を強制したとて管理者責任は問われないのでしょうか。