保険適用外のものでも医療費控除の対象になるものはありますが、
それがどのようなものであったかによって、対象となるか否かが変わってきます。
ですので、医療機関の領収書の支払い金額がそのまま医療費控除の対象となるわけではありません。
医療費控除の対象とならないものは、除いて申告することになります。
また、高額療養費等の健康保険からの給付があった場合や、保険会社からの給付があった場合は、
その分を差し引いたものが医療費控除の対象となります。
このため、たとえば、医療費控除の対象となる医療費が20万あったとしても、
健康保険や保険会社からの給付が5万あったとすると、
申告できるのは15万ということになります。
ただし、給付による補填分は各医療費ごとに個別計算となりますので、
給付額が医療費の額を上回っていたとしても、
別の医療費には影響しません。
複数の医療費を支払っている場合で、そのうち1つだけに対して給付があった場合、
差し引く必要があるのは、給付対象となった医療費のみとなります。
たとえば、Aの病気の入院で医療費が10万かかり、Bの病気の通院で医療費が10万かかった場合で、
Aの病気の入院に対して20万の給付があったとすると、
Aの医療費から20万を差し引き、Bの医療費には影響しませんので、
Aの病気の医療費は申告外(給付ですべて補填されているため)になりますが、
Bの医療費は申告対象となります。
ちなみに、医療費控除は還付申告もしくは確定申告で控除を受けることになり、
申告の際に申告対象となる医療費の一覧表と領収書を添付しますが、
もし医療費控除の対象外のものまで間違って含めていたとしても、
税務署のほうできちんと計算しなおして還付してくれるはずです。
以下のサイトに医療費控除の対象となるもの、ならないものの一覧がありますので、
参考にしてみてください。
【参考】
医療費控除の対象になるもの、ならないものの一覧
http://www.mykomon.jp/hpkakutei/iryohi/