休職を適用する期間の計算の仕方

こんにちは。会社で休復職の担当をしています。
当社では、私傷病の場合、１か月以上の欠務で長期休業とし、欠勤３か月で休職扱いとしています。断続的に休んでいる場合も、欠勤が通算して３か月になれば休職としています。
その際の欠勤の数え方なのですが、
まず、欠勤開始日からの３か月間の出勤日数（有給含む）を数えてその日数分休職開始日をずらし、増加した日数分の中でさらに出勤などがあれば、再度その日数分開始日をずらし。。ということをしています。
１か月間欠勤なく出勤等できれば一旦計算はクリアにします。
ですからいずれクリアになるか休職に入るかどちらかなのですが、この計算が手間がかかるのでもっといい方法はないのか、と言われています。
みなさんの会社ではどのようにされていますか。
ご意見をいただければ幸いです。よろしくお願いいたします。