文章がわかりづらいのですが、Nanoxさんは自社とされる支店にいるということでしょうか?
支店とかかれているのが、どちらの会社の支店かがわからないのですが、問い合わせしようとしてるのは自社の支店でしょうか?
そうであれば、請求した自社本社に確認していただくことが筋かと思います。
それとも、自社本社からの請求に対して、A社は自社本社への支払でなく、自社本社自社支店に個別に支払いがあるのでしょうか?
支社がどの会社の支社がわかりづらいこと、本来の請求から支払がどのように契約しているのか、を説明していただかないと状況が把握できないです。
> A本社及び複数の支店に対し売り上げがあり、自社本社からA本社に一括請求をしているのですが、入金についての確認をしたい場合、支店の方からA本店に問い合わせしても大丈夫でしょうか?それとも請求書を作っている自社の本社から問い合わせてもらうものでしょうか?