第三号被保険者の遡り加入について

昨年、パートとして働き始めた社員の奥さんの件で教えてください。
当初、年収130万円を超えるかもしれないとの事で扶養からはずしましたが、今年確定申告をしたところ、107万円だったので、扶養からはずした時点に遡って第三号被保険者として欲しい、そうしたら一号として納付した国民年金保険料を還付してもらえるから・・と申し出がありました。
しかし当社の健保組合では遡り加入は認めてくれません。手続きは健保に準じて行っていますが、国民年金は別の制度なので、健保組合の事情にかかわらず単独で遡り加入ができないものでしょうか。ちなみに社会保険事務所では無職であれば遡り適用できるが、働いていたのだから国民年金も遡り適用できないと説明を受けました。その通りなのでしょうか・・・？