とうきょうさん、こんにちは。
「平成19年分 年末調整のしかた」のp25~地震保険料控除が載っています。
控除証明書の証券番号が一つ、とのことなので、p27中段あたりの注)2の「一つの損害保険契約」にあたると思われます。
選択によりいずれか一方とありますので、その他の控除対象になる保険と合わせそれぞれの限度額の範囲で最も控除額が大きくなるように選択、ということだと思います。
弊社では文書で周知したつもりだったのですが、集めてみて、どちらも記入する方が多く、訂正(しかも少なくなる)に結構な時間がかかりました。文書の説明は難しいので、担当者が理解した上で、人数も少ないので集めて周知したかった~と思いました。