データがどのようなものであるか(重要性、データ作成の頻度等)で、便利な方法が変わってくると思います。
例えば、時々データを作成した都度にバックアップを取る程度であれば外付けHDやMOなどで、手動でやればいいと思います。但し、MOは過去に数回壊してますので、バックアップ用としては、私は信用できないと思います。
もしくは、重要なデータを頻繁に作成しているのであればサーバーを利用し、そのサーバーの同期を取ればもっと安心と思います。
例えば、、、、私の会社のデザインデータのバックアップ方法ですが、サーバーを2台設置しています。メインのサーバーとサブのサーバーです。デザイナーはメインサーバーに手動でどんどんデータを入れていきますが、深夜に自動で予備サーバーにさらにバックアップされます。